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Im Dezember und Januar steht die Sonne am höchsten über dem See. Neben heißen, trockenen Tagen im Süden, kann es im Norden schwülwarm sein. Da auch in Afrika das Wetter in den letzten Jahren Kapriolen geschlagen hat, sind genaue Angaben natürlich problematisch und nur als Anhaltspunkte zu werten.Je nach Jahreszeit oder Küstenabschnitt, kann das Wasser des Sees eine hohe bis mäßige Transparenz aufweisen. So sind Küstengewässer mit reinen Felsufergebieten meist deutlich klarer in der Wasserfarbe als flache Uferzonen mit sandig-steinigem oder gar sandig-schlammigem Untergrund. Flüsse führen oft sedimentreiches Wasser mit sich, welches zur Regenzeit ganze Buchten eintrüben kann, wie z.B. der Kalambo, der nach starken Regenfällen die Wassertransparenz südlich des Flusses stark beeinträchtigt. Dennoch können auch hier Unterwassersichteweiten von 5-8 Metern erwartet werden. Nur wenige Kilometer nördlich des Kalamboflusses, in Tansania, sind die Wasserverhältnisse dagegen ausgezeichnet, so daß hier eine Sichtweite bis zu 20 Meter erreicht werden kann.Die Wasserdurchsichtigkeit kann also auf nur 10 Kilometer Küstenlänge unterschiedlich ausfallen; dieses hängt auch mit verschiedenen Wasserströmungen und Winden zusammen. So drückt während der Regenzeit ein starker Nordwind das Wasser und die Trübstoffe des Kalambo nach Süden. Weitere große Flüsse die in den See abfließen, sind der Rusisi im Norden bei Burundi, der Malagarasi südlich von Kigoma in Tansania und der Lufubu in Sambia. Der einzige aus dem See ableitende Fluß ist der Lukuga bei Kalemie, der zum Lualaba fließt und später zum Zaire wird.Die Oberflächentemperaturen schwanken jahreszeitlich zwischen 23°C und 28°C. Auch in größerer Wassertiefe wurden nur geringfügig niedrigere Wärmegrade gemessen. Durch die Gleichmäßigkeit der Temperaturen findet kaum ein Austausch des sauerstoffreichen Oberflächenwassers mit dem schwefelhaltigen Tiefenwasser statt. Unterhalb von 200 Meter Wassertiefe werden deshalb nur noch geringe Mengen Sauerstoff gemessen, so daß sich höheres Leben kaum unter zweihundertfünfzig Metern abspielt (Coulter, 1967).Neben der Wassertemperatur sind natürlich auch die chemischen Werte des Wassers von Interesse. So ist das Tanganjikaseewasser reich an gelösten Salzen und entsprechend hoch liegen Karbonat- und Gesamthärte.Die Karbonathärte des Aquariumwassers sollte um etwa 15° liegen und der dGH-Wert schwankt am See zwischen 9° und 11° (Tetra Test, eigene Messung). Der pH-Wert muß wenigstens über dem Neutralbereich liegen. PH-Werte von mehr als 9,0 konnten am Tanganjikasee gemessen werden (Conrad, Micro-pHep +/-0,1 pH, eigene Messung). Weiches, saures Wasser mögen die Fische des Tanganjikasees absolut nicht, dennoch sind die Tiere tolerant genug, um auch etwas niedrigere oder höhere Werte zu vertragen. Anzustreben sind natürlich die Idealwerte. Die meisten Tanganjikasee-Cichliden lassen sich in normalem Leitungswasser problemlos pflegen. Bei Wasserwerten von 10 bis 20 Grad dGH und pH 7,0 bis 8,5 fühlen diese Tiere sich wohl. Das Wasser dieses Sees ist sehr mineralreich. Unter den größeren Grabenseen hat der Tanganjikasee die höchste Salzkonzentration; zweimal so hoch wie der Malawisee und dreimal so hoch wie der Viktoriasee. Drei Viertel des Gesamtsalzgehaltes werden von Karbonaten gebildet: Natrium, Calcium und Magnesium (zwischen 300 und 400 mg/L). Der pH-Wert des Wassers liegt bei 9,5 mit leicht lokalen Schwankungen, die Gesamthärte beträgt 12 bis 14 Grad dH, die Leitfähigkeit 500 bis 600 mS/cm. Ein solch riesiges Gewässer wie der Tanganjikasee hat die unterschiedlichsten Uferzonen und Lebensräume vorzuweisen. Flache, zum Teil versumpfte Buchten lösen steilabfallende Felsküstenbereiche ab. Es sind besonders die steinigen Uferabschnitte, die am See überwiegen, wobei ihre Struktur sehr unterschiedlich sein kann. Neben Geröllfeldern, die aus faust- bis fußballgroßen Steinen bestehen, fallen quaderförmige oder riesige, zum Teil rundgeschliffene Felsen auf. Jedes dieser Biotope kann seine ganz spezielle Fischgesellschaft aufweisen; etliche Arten kommen sowohl in den reinen Fels- als auch in den Geröll- und Übergangszonen vor. Die steinigen Küstenabschnitte sind oft mit Kies- und Sandeinlagerungen aufgelockert. Zum Teil befinden sich am Fuße schrägabfallender Felsformationen sogar größere Sandzonen oder terrassenförmige Vorsprünge, die mit Sand oder Feinkies bedeckt sind.
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